A limitação é devida ao design original do BIOS. Naquela época, as pessoas não estavam pensando que mais de quatro sistemas operacionais diferentes seriam instalados em um único disco. Houve também um mal entendido do padrão pelos implementadores do SO, notavelmente Microsoft e Linux, que mapearam erroneamente os sistemas de arquivos com partições (primárias) em vez de subdividirem suas próprias partições em fatias como BSD e Solaris, que era o objetivo original pretendido.
O número máximo de partições lógicas é ilimitado pelo padrão, mas o número de partições acessáveis depende do sistema operacional. O Windows é limitado pelo número de letras no alfabeto, o Linux costumava ter 63 slots com o driver IDE (hda1 a hda63), mas os lançamentos modernos padronizam os drivers sd, que suportam por padrão 15 slots (sda1 a sda15). Por algum ajuste, esse limite pode ser superado, mas pode confundir ferramentas (veja link )
De qualquer forma, isso está se tornando histórico com a EFI / GPT. Os Linuxes recentes suportam o GPT com o qual você pode ter 128 partições por padrão. Para usar discos grandes (2 TB e mais), você precisará da GPT mesmo assim.