sudo lê a senha diretamente do terminal, não da entrada padrão, a menos que a opção -S seja usada. Assim
yes | sudo command
deve solicitar a senha (se necessário), sem ler yes , e executar command como root com sua entrada padrão alimentada pela saída padrão de yes .
Se isso não funcionar, você pode executar todo o pipeline em sudo usando algo como
sudo sh -c "yes | command"