Duas abordagens para alcançar o objetivo:
grep
abordagem (com Perl suporte):
grep -Po '\(\K(?!0000)([0-9]{4})(?=\))' /tmp/output
Abordagem do awk
do GNU:
awk -v FPAT='\([0-9]{4}\)' '$1{ n = substr($1,2,4); if (int(n) > 0) print n }' /tmp/output
A saída:
0001
9999