Meu primeiro pensamento foi .bash_logout também, mas isso só funciona para shells de login. O método mais simples, que funciona tanto para shells de login como de não-login, é configurar um trap na saída. Funciona assim:
armadilha "your_commands_go_here" SAIR
Por exemplo,
$ bash
$ trap "echo goodbye cruel world!" EXIT
$ exit
exit
goodbye cruel world!