Tecnicamente, mv não é atômico quando a origem e o destino estão em sistemas de arquivos diferentes, na verdade é cp + unlink() . Então, primeiro mv copiará o arquivo e depois chamará unlink() para remover o arquivo da lista de entradas do diretório.
Portanto, neste caso, o AFAIU, seja cp e rm ( unlink() ), ou use mv diretamente é totalmente sua preferência pessoal.
Considerando que, enquanto mv -ing dentro do mesmo sistema de arquivos, você deve usar mv como sua atômica dentro do mesmo sistema de arquivos (chamadas rename() ) e menos sobrecarga.
Obrigado @muru e @psusi por apontar o comportamento dependente do FS.