Se tiver certeza absoluta de qual pasta você deseja, então sim, comente essas linhas e adicione as pastas específicas necessárias.
A primeira pasta fará backup de tudo na pasta / home, incluindo seus dados e os dados de qualquer outro usuário que tenham uma conta no seu sistema.
O segundo fará backup de todas as "configurações" do seu computador.
A última pasta é para qualquer pacote local que você tenha instalado.
Remova-os e substitua-os por pastas específicas para reduzir a quantidade de backup de cada iteração do rsnapshot.