É mais uma pergunta para as comunidades superusuário ou serverfault . Há algumas boas respostas neste artigo em serverfault: sistema de arquivos para milhões de arquivos pequenos . Hoje em dia o arquivo de 15MB pode parecer "pequeno" para um usuário, mas não é para o FS. De qualquer forma, na sua situação descrita, você é bom em usar o ext4.