O kernel vanilla "independente de distribuição" seria aquele que você usa tudo com valores padrão. Os scripts de configuração do kernel possuem valores padrão para tudo. Você pode obter um conjunto completo deles e chamá-lo de "100% puro baunilha" se você gerar uma configuração usando um kernel de kernel.org e executar make config ou make menuconfig (sem fazer alterações).
Embora essa seja a coisa mais genérica possível, é improvável que seja muito útil sem alguma configuração (escolhendo a arquitetura correta, certificando-se de incluir drivers úteis suficientes, etc.) e é improvável que ela seja executada se você fosse deixá-lo no Ubuntu , o que espera que você execute seus kernels customizados. Por exemplo, o suporte ao LVM costumava não ser ativado por padrão, mas o Ubuntu o utiliza.
Eu acho que o Ubuntu significa que "mainline" é que nenhum patch é aplicado, mas os arquivos de configuração customizados normais ainda seriam aplicados para que ele fosse inicializado com sucesso. O que pode estar faltando é qualquer correção de bugs ou suporte de hardware personalizado ou qualquer outra coisa que eles consertem e que não tenha sido adicionada ao kernel upstream ainda.