Você pode processar arquivos em lote com mogrify e converter de um formato para outro usando a opção -path (a partir de imagemagick v6.2.0 ) para especificar um diretório diferente para a saída das imagens processadas:
mogrify -path /path/to/dest_filename -format ext2 /path/to/source_filename/*.ext1
, por exemplo,
mogrify -path /home/myjpgs -format jpg /media/images/*.png
converterá todas as .png imagens no diretório /media/images para jpg mantendo o mesmo nome de arquivo (somente a extensão muda) e salvando as imagens resultantes em /home/myjpgs