Geralmente não importa. Ambientes de área de trabalho diferentes devem ter suas próprias configurações e não interferir entre si. Existem no entanto alguns casos:
- Alguns ambientes de desktop são garfos um do outro ou baseados na mesma origem. Este é o caso de gnome2 / 3, unity e canela *.
- Existem vários toolkits concorrentes, os dois principais são gtk e kde / qt. Ambos estilizam seus aplicativos de maneira diferente, mas tem havido muitos esforços para fazer com que os aplicativos kde se pareçam com os do gtk sob os gerenciadores de janelas gtk, assim como para fazer com que os aplicativos gtk se pareçam com os aplicativos kde no kde. Instalar os dois pode mexer com esses estilos.
Mas a maior parte do tempo deve estar bem e é principalmente baixo para a distro que você usa / as configurações que você fez. Por exemplo, não tive problemas em executar vários ambientes de desktop / gerenciador de janelas diferentes no archlinux ou anos atrás, quando tentei o Ubuntu com o KDE, o GNOME e vários outros instalados.
Meu palpite é que você teve azar com mint e kde - acredito que a hortelã tenha um estilo pesado de seus aplicativos e mexer com diferentes ambientes de área de trabalho pode ser problemática (não uso hortelã, portanto não posso dizer com certeza).
Quanto à unidade e canela; Ambos são shells do gnome 3 e, portanto, ambos dependem das configurações do gnome 3, portanto podem interagir uns com os outros. Eu realmente não posso comentar sobre como eles devem interagir uns com os outros ou quanto isolamento deve ter diferentes shell do gnome, já que eu também não corro.