Parece que você está procurando pelo chroot .
Observe que, embora algo como ../../../../../.. não escape do diretório raiz restrito, há outras maneiras de escapar indiretamente, aproveitando outros processos. Se você está preocupado com um aplicativo malicioso, execute-o como um usuário que não executa nenhum processo fora do chroot.
Para uma solução mais avançada / empacotável / segura, dê uma olhada no docker ou em outras soluções baseadas em contêineres.