Não é possível instalar o pacote geojson para R

Question

Eu tenho o Ubuntu 16.04 e o R 3.4.3. Quando eu corro

install.packages("geojson", dep=TRUE)

em R, recebo o seguinte erro:

  

dependência "protolite" não está disponível para o pacote "geojson"

Por isso corro

install.packages("protolite", dep=TRUE)

para o qual eu recebo:

Configuration failed because protobuf was not found. Try installing:
 * deb: libprotobuf-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: protobuf-devel (Fedora, EPEL)
 * csw: protobuf_dev (Solaris)
 * brew: protobuf (OSX)
If protobuf is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a protobuf.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'

No entanto, executando protoc --version no terminal eu recebo

libprotoc 2.6.1

Portanto, parece que tenho a última versão instalada. Eu também tentei copiar protobuf.pc em /usr/lib/pkconfig/ e definir PKG_CONFIG_PATH com

export PKG_CONFIG_PATH=/usr/lib/pkgconfig

sem sucesso. Eu não sei como verificar se pkg-config está no meu PATH , nem como seguir as últimas instruções do manual. Em particular, não sei quais diretórios devo escrever para INCLUDE_DIR=... e LIB_DIR=... .

Como devo proceder?

    

Answer 1

Acabei de descobrir que meu /usr/bin/pkg-config (versão 0.29.1 junto com o Ubuntu 18.04) é super buggy. Ele não procura em diretórios mencionados em PKG_CONFIG_PATH (diretórios personalizados não foram vistos no spew spew). Eu tive que construir uma versão mais nova (0.29.2) da fonte. Isso resolveu meu problema.

Espero que ajude alguém

    

Answer 2

Você pode instalar seus pacotes R com as seguintes ações

#1. add R 3.4.3 repository if not added before
cat <<EOF | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/r-cran.list
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/
EOF

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9

#2. add repository for libjq-dev
sudo add-apt-repository -y ppa:opencpu/jq

#3. update package lists
sudo apt-get update

#4. install R and dependencies
sudo apt-get install r-base-dev r-base-core libjq-dev libcurl4-openssl-dev \
libssl-dev libprotobuf-dev libjq-dev libv8-3.14-dev protobuf-compiler

#5. launch R and install geojson package:
R
> install.packages("geojson", dep=TRUE)