Concerando sua segunda pergunta, se você fizer o symlink usando um caminho relativo e, em seguida, mover toda a estrutura de diretórios, ainda assim deverá funcionar. Considere a seguinte sessão de terminal:
~$ mkdir test
~$ cd test/
~/test$ mkdir test2
~/test$ cd test2/
~/test/test2$ touch testfile; echo "hello, world" > testfile
~/test/test2$ cat testfile
hello, world
~/test/test2$ cd ..
~/test$ ln -s ./test2/testfile testfileln
~/test$ ls -l
total 8
drwxr-xr-x 2 xxxx xxxx 4096 2010-09-09 09:18 test2
lrwxrwxrwx 1 xxxx xxxx 16 2010-09-09 09:18 testfileln -> ./test2/testfile
~/test$ cd ..
~$ mv test/ testfoo
~$ cd testfoo/
~/testfoo$ ls -l
total 8
drwxr-xr-x 2 xxxx xxxx 4096 2010-09-09 09:18 test2
lrwxrwxrwx 1 xxxx xxxx 16 2010-09-09 09:18 testfileln -> ./test2/testfile
/testfoo$ cat testfileln
hello, world
Quanto à sua primeira pergunta, se você realmente quiser um link que se refira ao mesmo arquivo, não importa o que você faça com o local original do arquivo, um link físico provavelmente é o que você deseja. Um link físico é basicamente apenas outro nome que se refere ao mesmo inode. Assim, não há diferença entre o link físico e o "arquivo original". No entanto, se você precisar vincular vários sistemas de arquivos, os links físicos geralmente não funcionam e geralmente não é possível criar links físicos para diretórios. Além disso, você notará algumas diferenças ao executar algumas operações de arquivo. Mais notavelmente, a remoção do original não removerá o arquivo. O link físico ainda apontará para o arquivo e estará acessível.