Aqui você está:
$ uniq inputFile > outputFile
Mas observe uniq apenas remove as linhas repetitivas que vêm uma após a outra e sequencialmente. Então, se você quiser excluir todas as linhas repetitivas, mesmo aquelas que não vêm em seqüência, você pode primeiro sort do seu arquivo de entrada e o uso uniq :
$ sort -g inputFile | uniq > outputFile
A opção -g será comparada de acordo com o valor numérico geral.
Ou use apenas sort -nu inputFile > outputFile