Primeiro, encontre o keysym que corresponde ao Insert
$ xmodmap -pke | grep -i insert
Esta é provavelmente a chave 118. Para desativá-la, execute globalmente
$ xmodmap -e "keycode 118 ="
que faz com que a chave mapeie para nada.
A execução deste comando toda vez que seu Xserver é iniciado depende muito de qual distribuição e gerenciador de sessão você está usando.