O LVM não altera a maneira como você formata uma partição. Digamos que você tenha um grupo de volumes chamado group1 e um volume lógico chamado volume1 , então seu comando deve ser assim para o ext3:
mkfs.ext3 /dev/group1/volume1
Caso você ainda não tenha nenhum grupo de volumes ou volumes lógicos, é necessário usar as ferramentas LVM correspondentes para criá-los. As páginas de manual de vgcreate e lvcreate podem lhe dizer como fazer isso.