Quando você instalou o Windows, ele substituiu o GRUB pelo bootloader do Windows, que não reconhece o Linux. Você precisa inicializar o live CD do Ubuntu novamente e reinstalar o GRUB. A essência do comando é:
# grub-install /dev/sda
onde sda é a unidade que você está inicializando. Há um bom guia sobre help.ubuntu.com que explica exatamente o que grub-install você deve executar, com base na sua configuração