Eu não acho que isso tenha a ver com fontes. As janelas invisíveis parecem um problema de pilha de gráficos. Tente alternar temporariamente para um gerenciador de janelas sem composição e veja se o problema desaparece.
Reprima arquivos corrompidos, não sei como eles seriam corrompidos, a menos que eles estivessem sendo gravados ou substituídos durante a falha. Eu suponho caches de fonte e tal pode estar corrompido. Mas meu palpite é que os arquivos danificados são um arenque vermelho, e que a origem de seus problemas é um bug de driver de gráficos. (Especialmente porque é com uma GPU integrada da Intel de safra claramente recente.)