nohup só deve afetar o sinal de desconexão. Portanto, kill ainda deve funcionar normalmente. Talvez você esteja usando o pid ou nome do processo errado; compare com pstree -p ou ps -ef .
Se você ainda suspeitar de nohup , talvez você possa tentar disown .
$ sleep 1000 &
$ jobs -p
13561
$ disown
$ jobs -p
$ pidof sleep
13561
$ kill 13561
$ pidof sleep
$