Existe um bug desde o Ubuntu 16, aparentemente.
Basicamente:
- Edite
/etc/systemd/user.confpara o limite flexível e adicioneDefaultLimitNOFILE=1048576. - Edite
/etc/systemd/system.confpara o limite flexível e adicioneDefaultLimitNOFILE=2097152.
O crédito vai para @mkasberg .