Instale o Kali em uma VM do VirtualBox com o USB conectado como o primeiro disco rígido.
Você pode anexar o USB ao VirtualBox seguindo este guia: Usando um disco rígido físico com uma VM do VirtualBox
Eu fiz isso com o Ubuntu 14.04 e funciona muito bem. A instalação é inicializável na maioria dos sistemas.
Adendo:
Vou elaborar, porque acho que esta é uma solução muito negligenciada ...
Eu estava me fazendo essa pergunta há mais de um ano. Comecei com a partição de persistência. Para mim, parecia um complicado e desnecessário exercício de salto de argola para ter a aparência de um sistema em uma vara.
Instalando diretamente no dispositivo USB através do VirtualBox, você não precisará particionar uma quantidade específica de espaço para o volume de persistência; você está criando um bastão totalmente inicializável com acesso completo de leitura e gravação em todos os lugares, como se o bastão fosse uma unidade ssd normal.