obrigado por todas as suas respostas. Eu resolvi o problema usando ps faux e identifiquei que a sincronização não faz nada / espera para sempre.
Como eu tinha uma unidade USB que de alguma forma morreu e foi desconectada, a unidade ainda aparecia como sendo montada.
Eu alterei o nome de /bin/sync para /bin/sync2 , copiei /bin/ls para /bin/sync e executei apt-get upgrade . Foi bem sucedido, então eu renomeiei os arquivos, reiniciei e finalmente me livrei da unidade desconectada.