Existe algum motivo para trabalhar diretamente na partição do Windows?
O NTFS realmente não é um bom sistema de arquivos para trabalhar. Eu recomendo usar um sistema de arquivos EXT3 ou EXT4 para o seu trabalho vital, pois são mais confiáveis. Se você não tem espaço suficiente na sua partição Ubuntu, você pode inicializar o Windows e encolher sua partição e usar o gparted para criar uma partição EXT extra para trabalhar.
Como posso criar uma nova partição com o ponto de montagem dividindo uma partição existente?