Como @cutrightjm mencionou apt-pinning é a solução.
Se você criar um arquivo /etc/apt/preferences.d/backports com o seguinte conteúdo
Package: *
Pin: release a=stretch-backports
Pin-Priority: 800
apt sempre instalará pacotes de stretch-backports , exceto quando você fixar outra origem de pacote com uma prioridade maior que 800.
Se você quiser ver todas as versões disponíveis de um pacote, sua prioridade e qual delas será instalada, você pode usar apt-cache policy <packagename> .