Eles são (como o "lk" sugere) arquivos lock . Um comentário nas fontes do gnupg diz
This function creates a lock file in the same directory as
FILE_TO_LOCK
using that name and a suffix of ".lock". Note that on POSIX systems a temporary file ".#lk..pid[.threadid] is used.
e também afirma que há uma função de limpeza (para remover bloqueios obsoletos). Você está vendo sobras de arquivos de bloqueio onde a função de limpeza falhou.
O pid e o threadid não correspondem a um comentário anterior no código (parece que os comentários não são atualizados). O código atual que faz o nome do arquivo parecer diferente dos comentários (citando gnupg-1.4.19):
snprintf (h->tname, tnamelen, "%.*s/.#lk%p.", dirpartlen, dirpart, h );
h->nodename_off = strlen (h->tname);
snprintf (h->tname+h->nodename_off, tnamelen - h->nodename_off,
"%s.%d", nodename, (int)getpid ());
mas é claro, o código é mais pertinente que os comentários.