Para adicionar o nome do arquivo, com awk :
awk -v OFS=, 'NR==1{print "file", $0};FNR==2{print FILENAME, $0}' file1 file2 ... fileN >outfile
que imprime o cabeçalho atualizado se for a primeira linha de entrada ( NR==1 ) ou ( || ) se for a segunda linha de cada arquivo ( FNR==2 ), ele imprime FILENAME e a linha ( $0 ).
Resposta inicial antes da sua edição.
Você poderia fazer isso com sed :
sed -n '1p;n;p' file1 file2 ... fileN >outfile
o -n suprime a impressão, 1p imprime a primeira linha e, em seguida, para cada linha (ímpar), esvazia o espaço do padrão e lê a linha n ext (as linhas pares) e p aperta isso.