Com permissões normais de unix, você não pode fazer isso.
Com as ACLs você pode (ou deve ser capaz).
Você precisa estar usando um sistema de arquivos que suporte ACLs. A maioria dos sistemas de arquivos linux modernos.
O comando básico é setfacl
No seu exemplo, se o grupo B possuir o diretório / B, você adicionará direitos de acesso ao grupo D da seguinte forma:
setfacl -m group:B:rwx,group:D:rwx /B
Este é apenas o exemplo mais básico, mas pode passar a ideia. Isso requer uma configuração cuidadosa e explícita do controle de acesso, mas pode fazer muito mais do que permissões básicas de unix. Não é tão capaz quanto, como uma política de grupo AD e coisas assim.