Se algo está perdendo espaço e você não consegue encontrá-lo, ele pode estar oculto sob outros pontos de montagem. Por exemplo, você tem um /mnt/backup/ e fez um backup enquanto não foi montado, os arquivos de backup terão sido colocados em / , mas não serão mais visíveis contanto que /mnt/backup/ seja montado posteriormente.
A opção --one-file-system também não ajuda; você tem que fazer uma montagem limpa e desobstruída.
mkdir /mnt/something
mount /dev/yourroot /mnt/something
Em seguida, verifique /mnt/something/ para arquivos usando du , xdiskusage ou qualquer outra ferramenta que você goste.
Se isso ainda não produzir nada, verifique os valores insanos da reserva raiz (para ext *, tune2fs ) ou verifique o sistema de arquivos em geral ( fsck ), pois alguns defeitos no sistema de arquivos podem causar espaço livre / usado para ser calculado errado.