Um chroot não deve impactar o desempenho. Eu não ouvi falar de nenhum benchmark porque é apenas um mapeamento entre dois espaços.
De qualquer forma, para o seu problema, talvez seja melhor usar algo como LXC . Em vez de mover algumas coisas trabalhando, você pode simplesmente criar um LXC e fazer suas coisas dentro deste LXC. O LXC é muito melhor que o chroot e tem muito menos desvantagem.
Você pode ver isso como um chroot v2.0. Tanto quanto eu sei, ele deve funcionar bem no CentOS 5.X.