Encfs armazena o que você diz para armazenar. Se você disser para armazenar um link simbólico, ele armazenará um link simbólico.
Se você deseja que um arquivo seja criptografado, é necessário armazená-lo no sistema de arquivos criptografado. Criar um link simbólico para o arquivo não o moverá.
(Se você criou dois links simbólicos para o arquivo, em dois sistemas de arquivos criptografados diferentes, você esperaria que ele fosse armazenado em ambos? Isso seria totalmente bizarro).
Portanto, mova seu diretório dotfile para o sistema de arquivos criptografado e crie um link simbólico para o local em que você deseja ter uma visualização desses arquivos:
mv ~/.rc ~/Public/
ln -s Public/.rc ~/