Rar é o utilitário comum para operações como essa, já que está disponível em ambas as plataformas.
No entanto, outra abordagem é usar split
.
split -b 1024m -d somefile somefile.
Em seguida, use o 7zip na máquina Windows para refazer a combinação dos arquivos.
O Rar tem a vantagem de ser um pouco mais simples, mas requer que seja instalado em ambas as máquinas. O Split tem a vantagem de ser mais rápido, já que não precisa colocar os dados em um arquivo, mas deixa como está.