Eu não tenho uma cópia desse livro, mas posso explicar por que um processo de duas etapas pode ser desejável se você estiver criando uma distro completa.
Ao criar pacotes, às vezes acontece que as propriedades do sistema de compilação sejam inseridas nos binários que você cria. Existem caminhos de bibliotecas, variáveis de configuração, etc. Na Sun / Oracle, o processo padrão para construir o Solaris é que você precisa construir quinzenalmente 17 em um sistema que esteja rodando quinzenalmente 16 (por exemplo).
Por exemplo, existem muitos campos e estruturas nos arquivos de cabeçalho, você precisa ter certeza de que está construindo os binários usando os arquivos de cabeçalho que serão entregues no sistema. Mas alguns dos pacotes que você está construindo entregam seus próprios arquivos de cabeçalho. E esses cabeçalhos são usados por outros pacotes.
Espero ter dado uma ideia de como o sistema que você está construindo pode depender sutilmente do sistema usado para criá-lo. Então você normalmente quer construir um sistema que seja o mais próximo possível do sistema que você está construindo.