UPDATE: Agora, você pode fazer isso passando o sinal --expand
(consulte docs ):
--expand
tells Certbot to update an existing certificate with a new certificate that contains all of the old domains and one or more additional new domains.
Veja esta resposta para um exemplo.
Resumindo: você não pode.
Os domínios que você especificar durante a configuração inicial tornam-se partes integrantes do certificado final que será assinado por Let's Encrypt. Você não pode alterá-lo retroativamente adicionando domínios ou subdomínios adicionais, pois isso prejudicaria sua validade.
Solução: comece do zero! (não é realmente um grande problema com o certbot)