Você precisa criar uma segunda tabela de roteamento e usar roteamento baseado em política . Aplicado ao seu caso, você precisa:
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Configure a primeira rota padrão usando a tabela de roteamento principal. Esta tabela será usada para o tráfego gerado localmente e para o tráfego de wlan1 :
ip route add default via <gateway_reachable_by_eth0> table main
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Crie uma segunda tabela de roteamento vpn :
echo 200 vpn >> /etc/iproute2/rt_tables
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Adicione uma rota padrão à nova tabela:
ip route add default via <gateway_reachable_by_tun0> table vpn
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Indique que todo o tráfego de wlan0 deve usar essa nova tabela:
ip rule add from <wlan0_subnet> lookup vpn