Eu suspeito que isso pode ser devido ao fato de o Ubuntu One ainda estar em beta para Windows. Seu problema parece com este bug no Launchpad .
Eu sincronizo o Ubuntu entre o meu escritório (windows 7) e minha casa (Ubuntu 10.10), quando sincronizo no windows 7 eu consigo meus arquivos sem problemas da web ou Ubuntu, mas ao tentar obtê-los mais tarde do Ubuntu) do windows eles sempre fazem um arquivo u1partial e não deletam o antigo, eu apago a extensão u1partial e o arquivo funciona, então o problema é que o Ubuntu não substitui os arquivos.
Como posso evitar isso?
Eu suspeito que isso pode ser devido ao fato de o Ubuntu One ainda estar em beta para Windows. Seu problema parece com este bug no Launchpad .