Eu faria assim com sed
$ sed -r 's/"\{([0-9]+,).*,([0-9]+)\}"//' input
1,4
1,9
34,89
Notas
-
-r
use ERE -
\}
literal{
-
([0-9]+,)
salva alguns dígitos seguidos por uma vírgula para mais tarde -
de referência aos padrões salvos
(sua saída é indentada, - talvez você queira / /
ou /\t/
na substituição - ajuste como quiser)