mysql
usa readline
para a interface da linha de comando e para o tratamento do histórico.
readline
está configurado no arquivo ~/.inputrc
e em /etc/inputrc
system-wide.
Você provavelmente tem um
set history-size 300
em algum lugar lá. Basta remover essa configuração ou adicionar um:
$if Mysql
set history-size -1
$endif
para o seu ~/.inputrc
.