Encontrei a resposta depois de dar uma segunda olhada no manual pkg-config e entender melhor a finalidade dessas variáveis de ambiente. Também notei que poderia fazer uma pesquisa no Google por pidgin pkg-config . Eu fui então capaz de encontrar a solução.
Isso permite que o configure encontre as bibliotecas necessárias com o pkg-config ...
$ PKG_CONFIG_PATH=$PKG_CONFIG_PATH:/usr/local/lib/pkgconfig ./configure
Isso permitiu encontrar pidgin e purple .