cryptsetup
fornece segurança de dados "em repouso". Se a unidade for roubada quando a máquina estiver desligada (ou, pelo menos, a unidade não está desbloqueada), então é seguro.
Ele não protege você se alguém obtiver acesso à máquina enquanto a unidade estiver desbloqueada. Eles podem ler todos os seus arquivos. E se eles obtiverem root, visualizem a unidade não criptografada, executem programas de exclusão e possivelmente até roubem a chave mestra de criptografia.
Assim, sim, a exclusão segura tem um propósito, mesmo em unidades criptografadas.