Eu sugeriria simplesmente:
- Extraia em um novo diretório
- Se, após a extração, o novo diretório contiver exatamente um subdiretório, mova todos os arquivos dentro dele para um nível e elimine o subdiretório original.
A propósito, fazer um arquivo (tar, zip, o que for) sem ter todos os membros do arquivo dentro de um subdiretório é EVIL Eu não sei porque as pessoas fazem isso!