Em bash:
shopt -s extglob # activates extended pattern matching features
mv !(*\(+([0-9])\)).ext /path/to/target/
A expressão regular corresponde a todos os arquivos, que não terminam com (n).ext , em que n é um ou mais números: +([0-9]) .
Você pode verificar isso com echo :
echo !(*\(+([0-9])\)).ext
Impressões:
file.ext otherfile.ext