Você pode usar a ferramenta de configuração gconftool-2 - GNOME. Primeiro, você pode listar todos os seus perfis de gnomo com:
$ gconftool-2 --get /apps/gnome-terminal/global/profile_list
[Default,Profile0]
Agora você pode imprimir valores para o perfil selecionado:
$ gconftool-2 -a "/apps/gnome-terminal/profiles/Default"
Armazenar valor de cor de primeiro e segundo plano:
$ gconftool-2 --get "/apps/gnome-terminal/profiles/Default/foreground_color"
#000000000000
$ gconftool-2 --get "/apps/gnome-terminal/profiles/Default/background_color"
#EEEEEEEEECEC
Agora você pode desativar o uso de cores de tema:
$ gconftool-2 --set "/apps/gnome-terminal/profiles/Default/use_theme_colors" --type bool false
E defina suas próprias cores:
$ gconftool-2 --set "/apps/gnome-terminal/profiles/Default/foreground_color" --type string "#EEEEEEEEECEC"
$ gconftool-2 --set "/apps/gnome-terminal/profiles/Default/background_color" --type string "#000000000000"