O Dropbox provavelmente está usando o inotify ou uma variante dele para observar as alterações no diretório do Dropbox. Como a mudança acontece fora do diretório do Dropbox, o Dropbox não o vê.
Para obter o efeito desejado, você pode usar links simbólicos em vez de links físicos. Não tenho certeza se há algum motivo especial para ser um link físico para o seu caso de uso (editar e compilar).