Se você quiser colocar seus PDFs em algum lugar na segunda tela em uma posição fixa, use um script que chame wmctrl
após iniciar o Acrobat Reader.
Supondo que você possa iniciar o Acrobat Reader com o comando de linha de comando acroread
:
#!/bin/bash
acroread vimcheat.pdf
wmctrl -r vimcheat.pdf -e 0,1920,100,500,1100
O comando wmctrl funciona localizando a string vimcheat.pdf
no título de qualquer uma de suas janelas (certifique-se de que seus PDFs sejam nomeados exclusivamente). Nas minhas telas de 1920x1200, ele empurra a janela para a segunda tela e a redimensiona para 500x1100 100 pixels a partir do topo.
Você cria links para o (s) script (s) na sua área de trabalho ou os inicia na ommandline, de acordo com sua preferência.
BTW ao contrário do que é afirmado em outras respostas, acho que usar arquivos PDF, com um controle de formatação bem ajustado, faz todo o sentido.