Seu sincronizador está gravando no diretório em vez de ler, certo? Então, tirar uma foto do sistema de arquivos ou configurar o bit imutável está fora.
Se você estiver executando o sincronizador como root, você pode alterar a propriedade do diretório para root e as permissões para 700 (rwx ------; somente o proprietário pode fazer qualquer coisa). Isso impedirá que novos processos não sejam executados como root, mas qualquer processo que já tenha um arquivo ou subdiretório aberto ainda poderá fazer alterações.
No Linux, se você quiser encontrar todos os processos que possuem arquivos atualmente abertos em sua árvore, você pode fazer lsof +D my_directory
. O que você faz com esse conhecimento, no entanto, depende da situação.