Como a maioria das distribuições, o Fedora não é realmente apenas um sistema operacional 'desktop' - é um sistema operacional 'servidor' também. Depende de quais pacotes você instala, pois nos repositórios estão disponíveis os aplicativos de desktop e servidor.
Assim, eu acho que você quer usar o Fedora no S390 para coisas de servidor (os mainframes são anunciados por seu desempenho IO / throughput, processamento em lote, certo?).
Tal como acontece com outros hardwares antigos, existem provavelmente três razões principais para executar o Linux:
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Como você pode, como um projeto de hobby, aprender algo sobre portabilidade, o hardware
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Porque você não tem dinheiro para comprar novo hardware
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Você deseja interagir com um subsistema proprietário que não deseja / não pode substituir ainda.
Quão ativo é o projeto Fedora s390, eu não sei. Quero dizer, alguns pacotes de que você gosta precisam ser portados, mas outros softwares portáteis só precisam ser recompilados e, uma vez que um servidor de compilação é configurado para outra arquitetura, novos pacotes de entrada são criados automaticamente.