Você pode simplesmente recriar a imagem "do zero" com mkisofs
.
$ mkisofs -o new_image_name /path/to/the/mounted/dvd
Se você não tiver mais o CD-ROM disponível, monte a imagem iso em loop com:
$ sudo mount -o loop /media/disk/linux.iso /path/to/the/mounted/dvd
(E não esqueça de desmontá-lo.)
Isso não copiará as informações de inicialização do DVD. Se você precisar disso, será necessário um pouco mais de trabalho para extrair informações de inicialização e passá-las como uma opção para mkisofs
.