Você pode usar uma combinação de pdfjam e pdftk para fazer isso:
pdfjam --offset '0mm -148.5mm' half-a4.pdf --outfile other-a4.pdf
pdftk half-a4.pdf stamp other-a4.pdf output double.pdf
O pdfjam está sendo usado para deslocar a página para baixo em meia página (A4 = 297 mm de altura e 297 ÷ 2 = 148,5). Se você precisar mudar para o outro lado, você usaria -110mm 0mm
.
Em seguida, o pdftk coloca as duas páginas uma em cima da outra.