O PDFjam deve ser capaz de fazer isso. Deve ser instalável no Ubuntu com sudo apt install pdfjam . Em seguida, vá para o diretório que contém seus arquivos PDF e execute:
for f in *pdf; do pdfjam --keepinfo --trim "2cm 0mm 0mm 0mm" --clip true --suffix "cropped" "$f"; done
Isso criará uma cópia recortada de cada arquivo pdf no diretório, onde file.pdf se torna file-cropped.pdf . Se você estiver satisfeito de estar correto, poderá movê-los para um novo diretório ( mv *-cropped.pdf newdir/ ) e excluir o restante.