A sintaxe é geralmente
update-alternatives --install link name path priority
(mais alguns argumentos opcionais que eu omiti).
Então você poderia fazer assim:
update-alternatives --install /usr/bin/editor editor /usr/bin/leafpad 0
Depois, você pode executar novamente o mesmo comando e escolher leafpad
para ser seu editor.
No meu exemplo, dei prioridade zero. Você pode escolher algo diferente. Só afeta quando a alternativa vai para o modo automático. Não dê prioridade ao Leafpad, no entanto. Você não quer que um editor gráfico seja a escolha padrão caso algo dê errado e o pacote seja automaticamente reconfigurado.